在处理宅基地被侵占的问题时，以下特殊情况或例外情形会影响结果：
1、多户共有宅基地：若宅基地为多户共有，需所有共有人共同参与协商、调解或诉讼，单人行动无法代表整体意愿，可能导致调解受阻（如部分同意、部分反对）。
2、历史遗留问题：如过去因政策原因未办理完整使用权证，但一直由您家使用的情况，处理时需结合历史使用情况与当地习惯，不能仅依据现行法律条文，相关部门调查核实需更长时间，影响解决效率。
3、政府规划调整：若宅基地被纳入拆迁或土地用途变更等规划，处理时需优先遵循规划政策，可能暂缓侵占问题的直接解决。
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关于您的宅基地被占问题，法律依据主要为《中华人民共和国土地管理法》第十四条："土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。"若您与对方属于个人间争议，可先协商，协商不成由乡级或县级政府处理，对处理结果不服可起诉。您可按此程序依法维权，有疑问可咨询我为您解答。
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宅基地被占时，处理过程中需注意以下法律风险：
1、证据链风险：若无法提供宅基地使用权证或其他合法使用证明，对方又主张权利，在诉讼或调解中可能因证据不足败诉（如法院驳回诉求）。
2、诉讼时效风险：宅基地纠纷适用三年诉讼时效。若自知道或应当知道权益受损之日起三年内未通过法律途径主张权利，对方可提出时效抗辩，导致您丧失胜诉权（如超过三年起诉被驳回）。
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宅基地被占的处理方式需根据具体情况确定，以下是不同情形的应对建议：
1、若有合法使用权证（明确您为使用权人），对方未经允许占用：可先协商要求停止侵权、恢复原状；拒不配合的，可请求村委会或乡镇政府调解；调解不成，依法向法院起诉，主张排除妨害、返还宅基地。
2、若宅基地权属存在争议（双方均无充分证据证明合法使用权）：需先由人民政府处理，对处理决定不服的，再向法院起诉。

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